دیوان عدالت اداری که یکی از سازمان های وابسته به قوه قضائیه می باشد آخرین مرجع رسیدگی به اختلافات مالیاتی به شمار می رود.

شورای عالی مالیاتی. دیوان عدالت اداری نهاد اداری و شبه قضایی ناظر بر مقامات و مراجع مالیاتی به شمار می رود، بنابراین خودش مرجع مالیاتی محسوب نمی شود.